Historia działalności Wydziału Mechatroniki sięga roku 1974. Pierwsze systematyczne badania materiałów porowatych zainicjowano, w ramach Instytutu Podstawowych Problemów Techniki PAN; (grupa 10 pracowników). W tym celu utworzono Zakład Mechaniki i Akustyki Materiałów Porowatych jako zamiejscowy (w Poznaniu) ośrodek Polskiej Akademii Nauk. W roku 1995 stałymi członkami zespołu było 4 profesorów (prof. prof. W. Derski, S. Kowalski, J. Kubik, J. Mielniczuk), 6 doktorów, 3 asystentów oraz dwóch pracowników technicznych. W roku 1996, w wyniku porozumienia między Instytutem Podstawowych Problemów Techniki PAN w Warszawie a UKW (wówczas jeszcze WSP w Bydgoszczy) większość członków Zakładu Mechaniki i Akustyki Materiałów Porowatych przeniosła się do UKW i utworzyła nową jednostkę uczelni, Zakład Mechaniki Środowiska, którego kierownikiem został prof. dr inż. J. Kubik. Do zespołu, w roku 1996, dołączył prof. dr hab. W. Kosiński, który specjalizował się w metodach sztucznej inteligencji. Z dniem 1 stycznia 1997 roku Zakład przekształcony został w Katedrę Mechaniki Środowiska, a w dniu 1 października 2001 roku w - Instytut Mechaniki Środowiska i Informatyki Stosowanej.1 października 2019 roku Instytut Mechaniki i Informatyki Stosowanej (nazwa funkcjonowała od 2009r. )został podzielony na dwie jednostki: Wydział Mechatroniki oraz Instytut  Informatyki.

Wydział Mechatroniki prowadzi kierunek studiów Mechatronika na poziomie studiów pierwszego (studia inżynierskie) i drugiego stopnia (studia magisterskie). Ponadto pracownicy Wydziału stanowią kadrę dydaktyczną kierunku Informatyka.

W ramach jednostki funkcjonują 3 Katedry, w skład dwóch weszli pracownicy zatrudnieni wcześniej w IMIS, oraz kilkoro pracowników pracujący do września 2019 w Instytucie Techniki.

Kierunki badań Wydziału Mechatroniki wyznaczane są przez badania katedr:

• Katedra Mechaniki Materiałów Porowatych
  Temat badawczy:  Modelowanie procesów transportu w materiałach porowatych
• Katedra Biomechaniki i Mechaniki Eksperymentalnej
  Temat badawczy:  Badania struktury i właściwości materiałów
• Katedra Systemów Mechatronicznych
  Temat badawczy:  Nowoczesne konstrukcje i metody inżynierii odwrotnej